La historia se centra en Yu Ominae, un chico (no muy corriente que digamos) de 17 años miembro de una organización secreta llamada Spriggan. "Spriggan" es un nombre asignado a los agentes de la Fundación Arkham cuya misión es proteger una antigua ruina de la humanidad: el Arca de Noe, de ser tomada por los Estados Unidos. Alrededor del Arca se ha levantado un laboratorio de Arkham para poder ingresar a el sin resultados.
Aquí llegan los gringos al comando de un niño: McDougal, que pretende hacerce con el Arca ya que conoce la verdad sobre ella. El Arca no es como la relata la Biblia en donde Noe se salvó del diluvio, sino que es un mecanismo que controla la atmósfera de la Tierra. Los Estados Unidos, por medio de McDougal, quieren el Arca para destruir a la humanidad y crear una nueva sociedad. Yu junto con su compañero Jean, tendrán que enfrentarse no solo al chico, sino al tremendo poder que este posee.